As Tartarugas Ninja estão procurando um novo lugar para morar nos esgotos de Nova York, quando encontram integrantes do clã Foot, liderado por Destruidor (François Chou). É quando eles descobrem o Ooze, a substância que transformou as próprias Tartarugas Ninja. Destruidor usa este material para criar dois novos capangas, Tokka (Kurt Bryant) e Rahzar (Mark Ginther), e os envia para provocar destruições na cidade. Com a ajuda da jornalista April O´Neill (Paige Turco), do professor Jordan Perry (David Warner) e do entregador de pizza Keno (Ernie Reyes Jr.), as Tartarugas Ninja precisam detê-los.